海上航运的制度遭到了修改，尤其是在军舰的数量上同时也没有得到严格执行，因为当时所运输货物的价值还不是非常高，而制成品的价格又一直飞涨。
然而到了1545年，在波多西发现了银矿，次年在萨卡特卡斯、两年后在瓜那胡阿多、再晚些在库恩卡梅、圣路易斯德波多西、索姆布雷雷特和帕丘卡等地陆续发现丰富的白银矿藏。此时一切都发生了改变。超载白银的船只又不断地从美洲，可是随之而来的海十风险也讯速增加于是当局决定认真组织海运体系。
尽管最重要的是保护运银商船的返航，但也有大量商船运送美洲人渴望的奢侈品和当时美洲还不能自给的食材红酒、橄榄油、干果。通常运往美洲的工业产品大部分都是外国制造，因为西班牙完全没有工业。盈利的需求慢慢转向奢侈品贸易和能开出高价的非必需品。奢侈品贸易在走私中与其他价格更为低廉的商品也有很大的竞争力。公元十七世纪的船队运载量达到一千万吨至一千二百万吨之间。
水银能用在汞齐法中提炼白银，在当时是向美洲运输的常见商品西班牙对此进行了垄断。虽然秘鲁的乌安卡贝利卡矿开采的水银能自给自足，但是墨西哥在这方面必须依赖于西班牙的运输。这些水银产自西班牙的阿尔玛登矿或南斯拉夫的伊德利亚矿被装在皮囊里，由专门的水银运输船运送。，
当时的贸易链就是将外国工业制品和奢侈品输出到美洲再从那儿将白银运回西班牙，。王室对整个贸易进行严格控制对海上运输实行保护，并从中收取费用。
美洲舰队
在费利佩二世统治其间，制定了美洲船队法，用以保护运输船队。这一法规极为重要，使得垄断贸易持续了两个多世纪。之后经过或对或错的修订，施行了很长时间，直到公元1778年才被取消，之后被自由贸易章程替代。自由
贸易章程一出来便显得陈旧，无法面对美洲贸易的新形势
和工业革命产生的结果。
公元1561年7月10日出台的美洲船队法规定商船必须组队而行，以更好地抵抗海盗袭击。由于在美洲存在两个总督管辖地，所以决定每年组建两个船队，分别开往墨西哥和秘鲁。
到了1569年，这两个船队已经完全不同。前往墨西哥贝拉克鲁兹港的船队在四月，刚开始时被称为“新西班牙船队”fdanuvaspana后来被人们直接称为
船队”fa。而另一船队的目的地先是巴拿马城市“上帝之名”，后来被波尔托贝罗取代每年八月出发，被称为“大帆船船队”fasgans，后来仅叫它“大帆船”。有时这两个船队会一行，但都各有自己的组织和指挥部。
另外，还规定这两个船队必须在安达卢西亚的海岸塞维利亚、加的斯和圣卢卡集结成队，在皇家海军的护送下从塞维利亚的河口出发。
当然这些严格的规定仅仅是写在纸上，而在实际操作中经常不被人遵守。船队很少会在约定的日期出发，每年也并没有两支船队，因为尽管这应该由美洲委员会咨询交易所、交易所再与塞维利亚领事馆商量，然后做出决定，但归根结底商人们的利益才是决定派两支船队还是不派船队的因素。商人们一般宁愿保持美洲市场的供应短缺，以便抬高价格。
西班牙为自己的船队实行了一种真正的组织模式，这对于它在1565年的各种垄断需求而言是一个极好的制度。
这一制度十分细致地规定了船队的准备方式、组成结构、往返日期、船只数量以及出售商品的交易会次数。然而，当美洲的十万西班牙人增加至四百万的克里奥约人、梅斯蒂索人和穆拉托人，奢侈品需求大大增加时，这一细致的组织制度已经无法适应了。
战舰被禁止携带商品，除非是装载从受损船只上救回的货物，但事实上往往满载走私商品，有时甚至因为装载过重而无法在遇上敌人时快速航行。随船队旅行的乘客们常愿意乘坐这些战舰，因其舒适程度要高于商船。这些乘客，包括他们的仆人，都带有武器和弹药按照规定，商船的投入使用期不能超过两年，必须能承载三百吨以上的重量。1578年规定不允许任何不达标的船只参与船队，但在实际中却被严重违反。由于要找到新船并不容易，因此经常将旧船使用了一两次后在美洲拆毁。根据1605年的条款，每艘商船必须携带两门青铜大炮，返航后再归还。
船只一般在西班牙的坎塔布里亚船厂或古巴、巴拿马和贝拉克鲁兹的船厂建造。17世纪下半叶，进行美洲贸易的人的三分之一都是美洲人。按照规定，不允许外国4建造的船只加入船队，但也总是有例外。船队里还会有通信舰，十分轻巧，载重量不六十吨，负责传递船队的消息，以便大家做好准备。这些通信舰不能搭客也不能运货，但这规定通常也不被人们遵守。
待到货物装船完毕船员和乘客都已登船，出发的号令
也已下达，船队便沿瓜达尔基维尔河顺流而下，驶向圣卢卡尔德巴拉梅达4进行第三次也是最后一次专项检查以确保船队具备航海条件。船队离开伊比利亚半岛驶向加纳利群岛，这一航程依据海况的不同约需十至十二天不等。旗舰在主桅杆上悬挂旗帜，负责领航船队众货船紧随其后副旗舰在船尾桅杆上悬挂旗帜，并负责殿后。
离开加纳利群岛船队便驶入所谓的“女士海”据说这片海域的海况极为理想就连女人都可以在此掌舵航行。历经长达一个月且往往令人厌倦的航行，船队到达多米尼克岛售。稍作休整便继续最后的航程。
新西班牙函的船队从多米尼克岛驶向维拉克鲁斯途中陆续有船只离队驶向洪都拉斯、波多黎各、圣多明各或古巴。
船队驶向卡塔赫纳港、部分商船驶向玛格丽塔岛、拉瓜伊拉港、马拉开波港咖里奥阿恰港。船队在卡塔赫纳港停留两周，卸下运往新格拉纳达王国。的货物。之后，继续驶向终点站农布雷德迪奥斯港誊。1595年弗朗西斯德雷克摧毁了该港口，之后条件更为优越的波尔多贝罗港3取而代之成为往来船队的栖身之地。
在目的地船队进港犹如过节一般。当地官员和税收官检查并通过之后，须派两艘船携带紧急信件返回西班牙通报船队安全到达的消息。卸船命令一下达，贸易集市也就开张了，通常能持续两至四周的时间。
出发港和目的港之间的航线往往是崎岖复杂的。船队从西侧的太平洋沿岸到东面的大陆实际相当于横跨了整个大陆。跨越墨西哥东西沿岸的漫长航线将维拉克鲁斯嘞阿卡普尔科喳联系起来，墨西哥北部的白银也得以运达沿海地区。德克鲁塞斯小道锵巴拿马城、秘鲁的白银和通向波尔多贝罗港的查格雷斯河鼍上游连成一线。
贸易交换的正常运作需要辅助船队，他们负责将来自伊比利亚半岛的商品转运至各地并搜集须运回西班牙的货物。这需要通过周密的计划和准确的指挥将船队进行编组进行货物的运输。事实上，这种情况几乎没有出现过。
在加勒比海、南太平洋和北太平洋上各有一支辅助船队负责远至拉普拉塔河11和菲律宾的贸易航线。
美洲的辅助船队通常由中小吨位的舰船组成其中大部分为“新世界”所造。
加勒比海船队所辖舰船大部分为古巴和卡塔赫纳的船厂所造，而太平洋船队的舰船则来自于墨西哥和基多瓜亚基尔的船厂，
加勒比海的美洲船队规模庞大，其中还包含舢舨、小艇、双帆船和大量往来于古巴、波多黎各、圣多明各、委内瑞拉、新格拉纳达王国以及其他中美洲和墨西哥城市之间的小型船只。事实上单凭加勒比海航线，西班牙船队便可开展贸易活动。随着定居点的不断增加，加勒比海地区开始为欧洲生产和提供可可、蔗糖、烟草、靛蓝、棉花和皮革。这些日益畅销的产品随着加勒比海的船队到达了不同的目的港，流入了世界各地。
太平洋上的两支美洲船队唯宗主国西班牙马首是瞻成为其阻止个总督辖区之间的交流、防止出现脱离西班牙管制的内部商路和避免白银外流至东方的工具。
南太平洋船队也被称之为“南海舰队”，其基地设在卡亚俄。该船队负责将波托西的白银和除委内瑞拉和哥伦比亚之外的南美所有财货运抵巴拿马城以便其随后转运至波尔多贝罗，同时从巴拿马城将欧洲运来的货物接驳回秘鲁。
为了防止秘鲁的白银落入海之手，南海舰队和西班牙大帆船舰队力求密切配合。北太平洋舰队的基地设在阿卡普尔科1，这里同时也是来自危地马拉、萨尔瓦多和尼加拉瓜的各种产品的集散地然而，马尼拉大帆船才是在这里做买卖的真正主角，这也使得新西班牙舰队的势力扩展到了太平洋海域。
吨位可达几百甚至上千的马尼拉大帆船负责在马尼拉和阿卡普尔科之间往来运输墨西哥的白银。在当时的亚洲白银是一种比黄金更为稀有的金属，其价值自然高居不下。
因而，用白银低价购进亚洲生产的各种奢侈品，转运至美洲和欧洲售卖以赚取高额利润也便成了顺理成章的买卖。这种船只可载二百五十人。为慎重起见，船上通常载有批士兵，数量可观的乘客也可在必要时协助开展防卫。两地之间的航程漫长而艰难;从阿卡普尔科出发需要航行五六十天，约两千两百里格的航程。起初，返航时为了利用“黑潮”通常从日本方向绕行。但自1596年遭遇日本海盗袭击之后船队改变了航线。通常情况下，七月份从马尼拉出发返航是最理想的，但有时会拖延到八月份一冉往后就无法出海航行了，必须等上
整整一年。返航需要五六个月，一般在十二月份或来年的一月份到达阿卡普尔科。
随之而来的阿卡普尔科贸易集市可长达一个月之久。从马尼拉运来的各种商品可谓琳琅满目：象牙