长生殿前后两部分是不一致的。
前一部分是写实，是爱情的悲剧，后一部分是写幻，是鼓吹真情。从结构上说，两者是对立的，但又是互相依存的。没有前半部分现实的悲剧，后半部分鼓吹至真之情便无从生发没有后半部分唐明皇杨贵妃的忏悔、重圆，则成了梧桐雨式的悲剧，只是留下了一份历史的遗憾。这种既对立又依存的关系，虽然中间转换得有些勉强，但却构成了长生殿的结构特征和思想特色：写唐明皇杨贵妃之情，事，并不限于言二人之情，而是含而不露地拓宽了“情”的内涵，充分地表现出剧作第一出传概里所申述的命意：“古今情场，问谁个真心到底。但果有精诚不散，终成连理……感金石，回天地，昭白日，垂青史，看子孝臣忠，总由情至。先圣不曾删郑、卫，吾侪取义翻宫徵，借太真外传谱新词，情而已。”这与清初的启蒙思潮是息息相通的。
长生殿以唐明皇杨贵妃的故事为主线，以朝正军果之事为副线，编织进唐以来文人记述过的、诗人咏叹过的人事，内容非常风满，正如近代曲学大师吴梅所说：“取天宝间遗事，收拾殆尽。”两条线交叉发展，彼此关联，情节错综，脉络极为清晰，组合得相当紧凑而自然。唐明皇与杨贵妃这条主线，又以定情的金衩钿盒时隐时现贯穿其中，而且每次出现都有不同的寓意：上半部开始是定情之物，马嵬破洵葬是失盟的表征下半部分杨贵妃魂魄把玩是写失情之怨，最后是用以证情，重圆结案，既使全剧的情节有着内在的联系，又体现了主人公悲欢离合的变化。全剧上下两部分虽各有侧重，但也有许多对照、呼应，如上半部分写现实的悲剧，插入了幻想的闻乐一出，为下半部分杨贵妃归蓬莱埋下了引线下半部分主要以幻笔写情，插入献饭、看袜、骂贼等写实场面，与上半部分唐明皇的失正、宠信安禄山、杨氏一门的骄奢，有着明显的对照意义。
长生殿结构细密，场面安排上轻重、冷热、亦庄亦谐，都是出于匠心经营，从而将传奇剧的创作推向了艺术的新高度。
所以，不管是时人，还是后人，对长生殿都曾有过不俗的评价。
如清代李慈铭在越缦堂日记中说：“其风旨皆有关治乱，足与史事相裨，非小技也。……长生殿传奇燓演科白俱元曲当家，词亦曲折近情，首尾完密，点染不俗。”
查为仁在莲坡诗话中说：“作长生殿传奇，尽删太真灰事，深得风人之旨。”
梁廷柟曲话卷三曰：“钱塘洪昉思撰长生殿，为千百年来曲中巨擘，以绝好题目，作绝大文章，学人、才人一齐俯首。……读至弹词第六、七、八、九转，铁拨铜琶，悲凉慷慨，字字倾珠落玉而出。虽铁石人不能为之断肠，为之泪下！笔墨之妙，其感人一至与此，真观止矣！”
近代王季烈螾庐曲谈卷四曰：“其选择宫调，分配角色，布置剧情，务令离合悲欢，错综参伍，搬演者无劳逸不均之虑，观听者觉层出不穷之妙，自来传奇排场之语，无过于此。”
而学术界关于长生殿主题的讨论，见仁见智，至今尚无定论。
代表性的观点有三大类。
一、正至主题说。
一抒写王果之痛。
袁世硕试论洪昇创作长生殿：“洪昇创作长生殿的动机，主要是借以抒发抑郁在胸中的王果之痛。”
左明长生殿的仁泯性从之。
二垂戒末世。
陈玉璞“弛了朝纲，占了情场”读长生殿轧机：“写的是一个悲剧，一个弛了朝纲，占了情场的皇帝所招致的社会悲剧。”